Nachdem seine Mutter bei einem Brand im Krankenhaus während des Zweiten Weltkriegs umgekommen ist, muss der elfjährige Mahito Tokio verlassen. Er zieht zu seinem Vater und dessen neuer Frau in ein altes Herrenhaus, das sich auf einem riesigen Landgut befindet. Isoliert von der Welt, beginnt Mahito, die verzauberten Landschaften, die sein neues Zuhause umgeben, zu erforschen und begegnet einem mysteriösen Graureiher, der hartnäckig an seiner Seite bleibt. Nach und nach wird der Reiher zu seinem Führer und hilft ihm, die Welt um ihn herum besser zu verstehen und die Geheimnisse des Lebens zu lüften.